Terdapat perbedaan Profil Kesehatan Indonesia 2013 dibandingkan dengan Profil Kesehatan Indonesia yang diterbitkan pada tahun-tahun sebelumnya, yaitu perubahan sistematika bab. Pada Profil Kesehatan Indonesia terdahulu, sistematika bab secara berurutan terdiri dari ; Pendahuluan, Gambaran Umum, Situasi Derajat Kesehatan, Upaya Kesehatan, Sumber Daya Kesehatan, dan Perbandingan antara negara. Sedangkan pada Profil Kesehatan Indonesia 2013 urutan bab terdiri dari Demografi, Sarana Kesehatan, Tenaga Kesehatan, Pembiayaan Kesehatan, Kesehatan Keluarga (Kesehatan Ibu & Kesehatan Anak), serta Pengendalian
Penyakit dan Kesehatan Lingkungan.